El 19 de abril de 2005 fue elegido sucesor de Juan Pablo II después de dos días de cónclave y dos fumatas negras. El cardenal Ratzinger había repetido sucesivas veces que le gustaría retirarse a una aldea bávara y dedicarse a escribir libros pero, más recientemente, había reconocido a sus amigos estar listo para "cualquier función que Dios le atribuyera"
Su elección generó de inmediato duras críticas, centradas en su supuesto perfil neo-conservador; se le acusó de desear restituir la organización y doctrina de la Iglesia a la que tenía antes del Concilio Vaticano II. Algunos analistas preveían que con él la Iglesia endurecería sus posturas en lo referente a la prohibición del aborto, la homosexualidad, la eutanasia o el uso de métodos anticonceptivos. Sus partidarios aducen que durante su Prefectura sólo uno de los procesos abiertos acabó en excomunión: el del arzobispo ultraconservador Monseñor Marcel Lefebvre; también se le conoce que asistió al Concilio Vaticano II y que había sido de los más interesados y propuso reformas novedosas.En agosto de 2005, participó en la , Jornada Mundial de la Juventud en Köln , Alemania cosechando grandes muestras de afecto por parte de la juventud y donde también se destacó el recuerdo de Juan Pablo II. Asistieron mas de 2.530.000 jovenes de todas partes del globo
